קרב הענקים ממשיך – לאחר שנלחמו זה בזה בסרט הקודם והתאחדו להבסת אויב משותף, הפעם עומדים קונג הכל-יכול וגודזילה האימתנית מול איום עצום החבוי עמוק מתחת לאדמה ומאתגר את עצם קיומם וקיום המין האנושי. הסרט מתעמק בהיסטוריה של הטיטאנים, במסתרי אי הגולגולת וקרב המיתולוגי שהוביל ליצירת היצורים המתהלכים בעולמנו וקשר אותם למין האנושי לנצח.
