אנימטריקס היא אסופה של שמונה סרטי אנימציה קצרים, המתרחשים במקביל לשלושת סרטי המטריקס המצולמים. ב”טיסתה האחרונה של האוסיריס” צוות של רחפת מנסה להזהיר את עירם ממתקפה קרובה; “הרנסנס השני” חלקים 1 ו-2, הם מעין מאחורי הקלעים של סיפור המלחמה בין בני האדם למכונות; ב”סיפור ילדים”, נער צעיר נתקל לפתע בניאו (קולו של קיאנו ריבס, “מאטריקס”), שעתיד לשחרר אותו מן המטריקס; ב”תוכנה”, שני לוחמים נאבקים בתוכנת אימוני סמוראים שיצאה מכלל שליטה, לאחר שחבר צוות בגד והחליט לחזור למטריקס; ב”שיא עולמי” אצן מצליח להשתחרר מן המטריקס תוך כדי נסיונו לשבור את השיא העולמי; ב”מעבר” ילדה מגלה בית “רדוף רוחות” עקב קלקול בתוכנה; ב”סיפור בלשי” הבלש הפרטי אש עוקב אחר “האקרית” (בקולה של קארי אן מוס, מטריקס) מסתורית בשם “טריניטי”; ובסיפור האחרון, בני האדם מכניסים מכונה לתוך “מטריקס אנושי”.
בין הבמאים פיטר צ’אנג (איאון פלקס), מאירו מהאדה (סצנות האנימה ב”להרוג את ביל” של טרנטינו), יושיאקי קוואג’ירי (נינג’ה סקרול), טקאשי קויקה (אפרו סמוראי), קוג’י מורימוטו (Mind Game) וסינוצ’ירו וואטנבה (Cowboy Bebop)